Styret i Sandviksboder Kystkultursenter består av fem personer. Leder og nestleder er oppnevnt politisk av Bergen kommune. De øvrige er representanter fra Museum Vest, Norges Fiskerimuseum, Bergen kystlag, samt en som er valgt til å representere øvrige brukere av senteret.
Følgende sitter i styret:
Leder: Veslemøy Gullachsen
Nestleder: Ragnar Berg-Hansen
Medlem: Bjørn Djupevåg (Museum Vest, Norges Fiskerimuseum)
Medlem: Vilhelm Bjerknes (Bergen kystlag)
Medlem: Tore Solberg (øvrige brukere)