Havnen i Sandviksboder Kystkultursenter styres av Havneutvalget. Dette ledes av daglig leder for senteret. I tillegg er det sammensatt av personer fra brukerne av senteret:

Havneutvalget består av:

Egil Sunde (leder)

Bjørn Djupevåg (Museum Vest, Norges Fiskerimuseum)

Tore Solberg (Motivasjon og Mestring)

Jan H. Jensen (Langskipslaget Haakon Haakonsson)

Peder Stumberg (Sandviken Veteranmotorbåt Klubb)

Rolf Kalvø (Bergen Kystlag)

John Audun Hauge (privat grunneier)